Излюбленные места обитания окуня в озерах — подводные откосы островов, каменистые луды и затопленные гряды, площади около лежащих на дне крупных камней и коряг, глубокие обрывистые участки с твердым грунтом. В реках окунь обычно обитает в глубоких ямах, в местах с замедленным течением, а при значительном течении держится за мысом. Охотно стоит вблизи свай мостов, затопленных деревьев, кустов и коряг, под плотинами — в стороне от водной струи, на тихом обратном течении.

Встречается под плотами, стоящими на приколе, под мостами пристаней, около долго стоящих барж, под крутоярами на тихом течении и у берегов с деревьями, нависшими над водой. В больших водоемах любит заводи, местами заросшие водной растительностью. Здесь группируется в большие стаи и часто преследует малька, укрывающегося среди растительности. Присутствие окуня сказывается на поведении малька. Он, спасаясь от преследований окуня, рассыпается у поверхности воды в разные стороны, вода покрывается рябью, словно от горсти брошенного песка. Собравшись в большую стаю, окуни преследуют малька с характерным "чавканием”.

Перед началом ледостава часто наблюдается значительное передвижение окуня, причем стаи иногда распадаются. Он встречается небольшими стайками почти повсеместно. После становления льда окунь снова собирается в стаи, группируясь по возрасту, и обычно располагается вблизи мест своих основных зимних стоянок. Зимой в водоемах с изменяющимся уровнем воды по мере ее спада окунь переходит на более глубокие участки. Речки и озера с плохим кислородным режимом, вызванным гниением водной растительности, окунь покидает вскоре после ледостава, уходит в водоемы со свежей водой. В закрытых прудах и озерах с плохим кислородным режимом в середине зимы он уходит с илистого грунта на песчано-галечный. Там, где таких участков нет, поднимается из придонного слоя воды на 1-1,5 м. выше и ко дну не опускается до появления талых весенних вод. Почти во всех водоемах зимой при сравнительно теплой, ровной погоде часто наблюдается выход окуневых стай на мелкие песчаные отмели, с редкой водной растительностью. Главным образом подымается окунь мелкий и средний, а крупный продолжает оставаться вблизи глубоких мест и подходит к мели лишь изредка.

Нерест окуня начинается в марте - апреле, а на севере — в мае. Во время нереста в большие стаи не собирается. Икру откладывает обычно около прошлогодней водной растительности, на небольшой глубине. После нереста уходит к местам летних стоянок, где и держится сравнительно оседло до осени. С началом похолодания постепенно собирается в большие стаи и обитает в средних и нижних слоях воды.

Мелкий окунь питается различными водными насекомыми, а подрастая, становится хищником.